Ein Direktflug ist kein Nonstop-Flug und kann (oder muss in diesem Falle sogar) über Athen gehen.
Ich weiß nicht was die Fluggesellschaften da zusammenfabulieren, aber es gelten für die Einreise nach GR die Regeln Griechenlands und die sind eindeutig. Ich würde die Finger davon lassen.